2005年，考古所被文化部、人事部授予“全国文化工作先进集体”；2003年被江苏省人事厅、江苏省文物局授予“江苏省文物系统先进集体”；连续多年被扬州市文物局（文化局）授予“文物工作先进集体”、“突出贡献奖”、“创新奖”等荣誉称号。2015-2016年度、2017-2018年度连续两次获评扬州市文明单位。