2013年考古所对隋炀帝墓的考古工作得到了国家文物局及专家的高度肯定，获得了2013年“中国六大考古新发现”、“全国十大考古新发现”；

 2014年，蜀岗上古城址北门中段战国木构遗存的发掘，进入当年全国十大考古新发现评选（二十五项之一）；2018年，江苏扬州市蜀岗古城北城门遗址考古发掘项目荣获中国考古学会评选的“田野考古三等奖”；

 2019年发掘的三星村胡桥组墓葬获得了江苏省考古学会2019年度“田野考古奖”。