建所以来，考古所出版和发表了一批较高学术水平的专著和科研论文。主要有《扬州城1987-1998年考古报告》《扬州城遗址考古发掘报告(1999-2013年)》《广陵遗珍—扬州出土文物选粹》《江苏扬州城南门遗址发掘报告》《江苏扬州市曹庄隋炀帝墓》（发掘简报）等。