扬州市文物考古队（扬州市文物考古研究所）成立于2002年11月，现有机构编制21人，是扬州市文化广电和旅游局下属正科级全额拨款事业单位，主要承担扬州市范围内的考古调查、勘探、发掘及研究工作。单位具有国家文物局授予的“中华人民共和国考古发掘资质”，5人获得国家文物局颁发的“中华人民共和国考古发掘领队证书”。

    考古所成立以来，始终坚持以科研课题为指导，立足扬州，探索江淮地域文明、服务社会经济发展，组织开展了一系列重大考古发掘项目：南水北调东线扬州段项目、西北绕城高速公路项目、“刘毋智”墓、“董汉”墓、张巷南朝画像砖室墓、隋炀帝墓、万科城建设项目、宿扬高速项目、桑树脚唐宋建筑基址、三星村胡桥组墓葬、扬杰电子项目、仪征古城墙及水闸遗址、高邮城北门遗址、宝应刘堡闸遗址等。

    考古所与中国社会科学院考古研究所、南京博物院组成了扬州唐城考古工作队，对扬州城遗址进行有目的、有计划的主动性考古发掘工作，取得了一系列重要成果：扬州唐宋城东门遗址、唐-明清城南门遗址、宋大城北门遗址、蜀岗古代城址战国木构遗存、蜀岗古城址南门遗址、北门遗址等。