科协组织是党领导下的人民团体，是党和政府联系科技工作者的桥梁和纽带。早在1958年，扬州就相继成立了地区及地辖市、县科学技术协会。1983年，扬州实行市管县新体制后，市委对科协组织进行了重组。1983—2010年，扬州市科学技术协会(简称市科协)组织机构逐步完善，先后召开五次代表大会，选举产生市科协领导机构。市属学会、协会、研究会和工厂、企事业科协组织得到巩固和发展。1991年市科协恢复成为市政协组成单位。1996年扬州市行政区划调整后，市科协系统由原来的12个县(市、区)科协调整为7个。按照市委统一部署，1997年和2002年市科协机关先后完成了机构改革任务。1991、1996、2001年，市委先后三次发文批转市科协党组关于学习贯彻江泽民同志在中国科协“四大”、“五大”、“六大”上的重要讲话精神。要求各级党委和政府进一步加强对各级科协工作的领导，帮助解决科协工作中的实际困难和问题，更好地发挥科协组织的作用。2010年，市委下发《关于进一步加强新时期科协工作的意见》，为新时期科协工作实现跨越式发展提供了保证。

中共中央、国务院关于加强科学技术普及工作的若干意见颁布实施后，1995年市委成立《扬州市科学技术普及工作领导小组》（简称市科普工作领导小组），市委副书记李体明任组长、常务副市长丁解民为副组长，办公室设在市科协。1996年，扬州市委办、市政府办联合转发市科普工作领导小组制订的《扬州市“九五”科学技术普及工作规划》，要求各地、各有关部门结合实际，按照规划确定的工作目标，落实各项有效措施，认真抓好科普工作。全市以提高公众科学文化素质、服务于两个文明建设、培养一代新人为目标，以城镇劳动者、农民、青少年、领导干部和公务员为重点人群，大力开展全民科学素质行动。1989～2010年，扬州市每年围绕一个主题，连续举办22届科普宣传周及10届科技活动周（2001年9月-2010年5月）。组织科技工作者参加“四进社区”（科技、文化、卫生、法律）科普宣传活动，使科普工作不断向社区渗透、延伸和扩展。每年围绕市委、市政府工作的重点、经济科技发展中的难点、群众关心的热点，确定一个主题组织调研、座谈和论坛会，为党和政府决策献计献策。构建“讲理想、比贡献”、“厂会协作”、“金桥工程”、“百名院士专家兴百企工程” 、“百名科技专家兴农富民工程”、“百场科普大讲堂到基层工程”和“科技咨询服务”活动平台，在工厂企业积极开展各项活动，推动科技成果向现实生产力转化。以农民增收、农业增效、发展现代农业、建设现代农村、培育现代农民为重点，在农村坚持不懈的开展“讲精神文明、比科技致富、创建科普文明乡(镇)、村”竞赛活动、送科技下乡和实施 “科普惠农兴村计划”。 高邮市被中国科协列为农村党员、基层干部实用技术培训示范基地。扬州市在全省率先全部设立开通 “农业科技110”。宝应县经过近3年的创建，2004年10月份，通过国家级验收，成为全市首家被中国科协命名的“全国科普示范县”。面向未成年人，组织青少年参加科技创新、“金钥匙”、“七巧科技”和中小学生发明创造等各类科技竞赛活动。市科协会同市委宣传部、教育局、关工委等5个部门，联合对全市首批11个青少年科普教育基地进行命名。组织开展“建家”活动，服务于科技工作者。逐步规范了推荐、评定、审核、表彰程序，对评出的市优秀科技工作者、自然科学优秀学术论文和“讲理想、比贡献”竞赛活动的先进集体和先进个人，在全省率先以市政府名义给予表彰。1997年，市科协制定出科协系统关于《扬州市社会主义精神文明建设“九五”规划纲要》的贯彻意见。提出了团结、动员广大科技工作者，争做社会主义精神文明建设的排头兵；大力弘扬爱国主义、求实创新、拼博奉献和团结协作精神；普及科学技术，提高全市干部群众的科学文化素质；大力加强科技继续教育、培训工作和科协系统人员自身的精神文明建设等五个方面的贯彻内容和实施措施，为提高全市公众的思想道德素质和科技文化素质进行不懈的努力。2001年，市科协制定《扬州市科学技术协会“十五”工作规划》。从工作的指导方针和奋斗目标，普及科学技术，开展学术交流，促进经济发展、履行桥梁和纽带职能，加强团体建设和管理等5个方面确定了16项工作目标。2006年2月，国务院颁布实施《全民科学素质行动计划纲要》(简称《纲要》)后，市政府成立了“扬州市全民科学素质工作领导小组”，领导小组办公室设在市科协。市领导小组制定出台了领导小组工作规则、工作方案，下发了扬州市2007—2008年全民科学素质行动计划、2008一2010年《纲要》实施意见和9个专项任务实施方案及年度工作计划。2010年5月，扬州市在全省率先完成《纲要》实施督查工作。在开展科普示范县(市、区)创建工作中，2007年，江都市通过中国科协组织的检查验收，被命名为“全国科普示范市”。同年，高邮市被省科协命名为“江苏省科普示范市”。2008—2010年，经市科协不懈努力，扬州科技馆被市政府批准立项，并完成了科技馆建设的前期工作。

市科协先后被中国科协评为农村科普工作先进集体;江苏省科协系统“1988—1989年度”、“1990—1991年度”、“1993—1997年度”、“1998—2003年度”、“2004—2009年度”先进集体，2009、2010年度综合工作先进单位；省科协2001年度“促进科技与经济结合工作”、2002年度“学术交流与学会管理工作”，2004、2005、2008年度省“青少年科技教育工作”先进单位，2006、2007年度“科技服务经济工作”先进单位，2007—2008年度金桥工程先进单位，2005—2006、2007—2008年度厂会协作优秀组织奖；省第十三届、十九届、二十届科普宣传周先进集体;2003、2005-2006年度扬州市“三下乡”活动先进集体和扬州市2007—2008年度文明单位。