1981年恢复建立了扬州地区科协。1983年3月，扬州实行市管县新体制，建立新的扬州市科协。

1984年6月21日至23日，市科协召开第一次代表大会，454名代表出席了大会。会议选举产生了103名一届委员会委员。一届全委会议选举产生常务委员会委员33人，选出主席陈本豪；副主席王琦、刘志高（兼）、曹生林（兼）、高煜珠（兼）、匡云飞（兼）；秘书长李剑秋。

1988年3月，市委决定，由李正伦同志任中共扬州市科学技术协会党组书记，1989年4月，市科协一届五次全委会选举通过李正伦同志为市科协一届委员会主席。同年6月，市科协一届十三次常委会增选申太忠同志为市科协副主席、9月起任中共扬州市科协党组成员。

1991年1月11日至13日，在扬州市区召开了市科协第二次代表大会。出席大会的代表共324名，其中特邀代表44名。大会的中心任务是：团结、动员全市广大科技工作者，奋发进取、团结协作，为推动科技进步、振兴扬州经济献智立功。会议期间，市委书记姜永荣、市长吕新奎和省科协副主席孙彦德分别作了重要讲话。会议选举产生了由87名委员组成的扬州市科学技术协会第二届委员会，同时召开了二届一次全委会议，选举产生了市科协二届委员会常务委员37人，选出主席李正伦、副主席邱文斌、申太忠、陈宝泉（兼）、栾福伦（兼）、钱鸿富（兼）、龚荐（兼），秘书长李剑秋。会议通过了向全市科技工作者发出的“奋发进取，团结协作，为建设社会主义新扬州献智立功”的倡议书。表彰了市科协“一大”以来科协系统先进集体25个，先进个人94名。

1993年3月，市科协二届四次全委会议增补常龙富、杜青山、张鸿仙、韦开民、张建华、杨正山、曹洪、王钦源、贾吉人、姜保生等10人为二届委员会委员。增补常龙富、杜青山、曹洪、张鸿仙、韦开民、张建华、杨正山等7名委员为二届常务委员。

1995年4月，根据市委决定，由毕佳讯同志任中共扬州市科学技术协会党组书记；锁敦厚同志为党组成员。同年7月，市科协召开二届六次全委会议，选举毕佳讯同志为市科协主席、锁敦厚同志为市科协副主席。

1998年5月25日至26日，市科协召开第三次代表大会。出席大会的代表共238名，其中特邀代表14名。大会的主要任务是：以邓小平理论和党的十五大精神为指导，认真总结科协二次代表大会以来我市科技工作的主要成果和基本经验，讨论和研究科协在科教兴市战略中的主要任务和工作思路，动员全市广大科技工作者，为繁荣我市的科技事业，进一步推进两个文明建设而奋斗。会议期间，市委书记吴冬华、市委副书记叶绍岚和省科协副主席曹志超分别作了重要讲话。会议选举产生了由71名委员组成的扬州市科学技术协会第三届委员会，同时召开了三届一次全委会议，选举产生三届委员会常务委员36人。选出主席：毕佳讯；副主席：邱文斌、锁敦厚、李剑秋、栾福伦（兼）、蔡建中（兼）、汪福田（兼）、封超年（兼）；秘书长：李政。会议通过了“面向新世纪建设新扬州，为加快科教兴市作出新贡献”致全市科技工作者倡议书。并对1991-1997年扬州市科协系统25个先进集体和60名先进工作者予以表彰。会后，成立了市科协三届专业工作委员会。市委组织部决定李政同志为市科协党组成员。

2001年7月，根据市委决定，市科协召开三届四次常委会议，选举锁敦厚同志为市科协主席。市委同时决定，锁敦厚同志任中共扬州市科学技术协会党组书记。

2002年10月，根据市委决定，市科协召开三届五次常委会议，增选陈宏云、李政同志为扬州市科协三届委员会副主席。市委同时决定，陈宏云同志为市科协党组成员。

2003年2月，经市科协党组研究，同意葛明顺同志任市科协三届委员会秘书长。同年3年，市委组织部决定，葛明顺同志为市科协党组成员。

2004年2月10日，根据市委决定，市科协召开三届七次常委会议，增选王克胜同志为扬州市科协主席。

2005年9月8日，扬州市科协召开第四次代表大会。出席大会的代表共239名，其中特邀代表23名。大会的主要任务是：高举邓小平理论伟大旗帜，以“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻落实党的十六大、十六届三中、四中全会和市委四届八次全会精神，回顾总结过去七年市科协的主要工作和基本经验，研究确定今后五年工作的主要目标和任务，进一步团结和动员全市科技工作者，努力实践“三个代表”重要思想，牢固树立科学发展观，积极投身科教兴市事业，为实现“两个率先”、力争苏中第一和“再干三五年，实现新跨越”目标献计献策，为推进我市科技事业的创新与发展和经济社会全面、协调、可持续发展作出新贡献。会议期间，市委书记季建业、副市长孙永如和省科协党组书记、副主席徐耀新分别作了重要讲话。会议选举产生了69名四届委员会委员，同时召开了四届一次全委会议，选举产生四届委员会常务委员38人。选出主席：王克胜；副主席：锁敦厚、陈宏云、葛明顺、汪福田（兼）、封超年（兼）、王华平（兼）、朱妍（兼）；秘书长：葛明顺（兼）。会议对1998-2004年度扬州市科协系统32个先进集体和61名先进工作者予以表彰。

2007年元月24日，根据市委决定，市科协召开四届一次常委会议，增选林群同志为扬州市科协主席，王克胜同志不再担任市科协主席。

2010年10月22日，扬州市科协召开第五次代表大会，出席大会的代表共319人，其中特邀代表23人。大会的主要任务是：高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，按照胡锦涛总书记在纪念中国科协成立50周年大会上的重要讲话和省、市委《关于进一步加强新时期科协工作的意见》要求，认真履行党和政府联系科技工作者的桥梁和纽带职责，坚持为经济社会发展服务，为提高全民科学素质服务，为科技工作者服务，团结带领全市广大科技工作者，深入实施科教兴市和人才强市战略，立足科学发展，着力自主创新，为建设“创新扬州、精致扬州、幸福扬州”而努力奋斗。会议期间，市委书记王燕文、市委副书记王荣平、省科协党组书记，常务副主席徐耀新分别作了重要讲话。会议选举产生了78名五届委员会委员，同时召开了五届一次全委会议，选举产生五届委员会常务委员39人。选出主席：林群；副主席：陈宏云、葛明顺、王德平、程顺和（兼）、周骥平（兼）、孙岩（兼）、王大新（兼）、王国宏（兼）、丁爱军（兼）；秘书长：葛明顺（兼）。会议对市科协“四大”以来扬州市科协系统30个先进集体和80名先进工作者予以表彰。