高邮县航道站成立于1978年9月23日，站址设在高邮城区新河北路14号、1990年10月1日办公地址迁至高邮市高公桥路11号。1991年4月撤县改市，高邮县航道管理站改名为高邮市航道管理站。
高邮市航道站设三个班子、4个股。行政领导班子：设正付站长，党组织领导班子：设党支部书记、支委，工会领导班子：设工会分会组长或分会主席、委员。三个领导班子下设4个股：即人秘、工务、航政、财征股。全站在职职工17名离退休人员12名。其中本科6名，大专5名。中级技术职称4人，初级技术职称5人。属行政事业单位，资金实行收支两条线，统纳国家财政运行计划。
高邮航道管理站的职能是航道管理、航道工程、航道养护。
高邮市航道管理站管辖全市20个乡镇44条航道，其中国道、高杭运河高邮段42公里属苏北航务处，其余43条航道在管理职能范围。43条内河航道572.71公里，省干级5级航道1条高东线（2005年改为通扬线）北澄子河37.59公里，省际6级航道1条高天线16.70公里，7级航道8条199.23公里，等外级航道33条319.19公里。维护航标11座，其中湖区航道发光示位标1座、杆形标9座，北澄子河三垛段发光横流标1座。 |
