仪征市国家税局第五税务分局于2001年10月份挂牌成立。2012年8月20日,在税源管理专业化改革后,在原五分局基础上转型组建的新五分局作为全市中唯一的办税服务机构正式对外办公,主要负责全市企业及个体工商户的税收服务工作。
2014年10月,为贯彻落实《江苏省国家税务局关于明确纳税服务机构若干问题的通知》精神,仪征市局将原纳税服务机构第五税务分局与第一税务分局进行名称对调,内设纳税服务一股、二股、三股、四股、五股、六股。